Merkez Bankası’nın ve aslında bütün düzenleyici üst kurumların bağımsızlığı en fazla tartışılan konuların başlarındadır. Başbakan ile Ekonomiden Sorumlu Başbakan Yardımcısı dahil birçok ekonomist arasında, Merkez Bankasının bağımsızlığı konusunda ortaya çıkan farklı yaklaşımlar bu tür tartışmaların sonuncusudur. Ama burada bitecek gibi de görünmemektedir.
 
Başbakan, sorumluluğun kendilerinde, yetkinin ise başkalarında olduğunu, ortaya çıkan olumsuzluklardan kendilerinin sorumlu tutulduğunu ifade etmekte ve  Merkez Bankası’nın bağımsızlığını içine sindiremediğini söylemektedir.
.
Bakan Babacan ve birçok ekonomist ise bütün piyasa ekonomilerinde Merkez Bankalarının bağımsız olduğunu,bu aşamaya uzun deneyimlerden sonra gelinebildiğini, bağımsızlığın piyasalara güven verdiğini  Türkiye’nin 2001 krizinde bunun  faydalarını gördüğünü öne sürerek bağımsızlığı savunmaktadır.
 
Bu tartışmalar geçmişte de yaşanmıştır.
 
Çünkü siyasi kadrolarla ekonomistlerin hedefleri farklı olabilmektedir. Siyasi kadrolar, kaynakları dağıtma, harcama önceliklerini ve harcama zamanlamasını belirleme
yetkisinin kendilerinde olması gerektiğine inanmaktadır. Siyasiler, sonuçlarını kısa zamanda alabilecekleri önlemlere öncelik verirken, ekonomistler daha uzun vadeli çıkarları gözönünde tutmakta, ekonomik gelişmelerin gereklerini yerine getirmeyi tercih etmektedirler.
 
Türkiye’de Merkez Bankası’nın Hükümetlere bağımlı olarak faaliyet gösterdikleri dönemler çok geride değildir. Banka, böyle dönemlerde istenildiği kadar para basan, sübvansiyonların ve kamu iktisadi kuruluşlarının zararını karşılayan bir ekonomik birim olarak çalışmıştır. Ekonomi, böyle dönemlerde siyaseti finanse eder hale gelmiştir. Zaten , faizler, kurlar ile kaynak dağıtımı da o dönemlerde devlet tarafından gerçekleştirilmektedir.
 
Aslına bakarsanız,Merkez Bankası’nın bağımsızlığı, Hükümetle bir uyum içinde çalışamayacağı anlamına gelmemektedir. Bankanın ana hedefi fiyat istikrarını sağlamak ve korumaktır  ama bu hedefe aykrı düşmemek kaydıyla büyümeyi ve bu kapsamda siyasi kadroların diğer politikalarını desteklemesi her zaman mümkündür. Zaten, maliye politikaları ile desteklenmeyen para politikalarının başarıya ulaşmasının mümkün olmadığı bilinmektedir.
 
Merkez Bankaları ,çeşitli ve çıkarları farklı kurumların eleştirilerinin sürekli hedefleri arasındadır. Türkiye’de de durum farklı değildir.
 
İhracatçılar faizlerin indirilmesini ve kurların yüksek tutulmasını isterler, ithal girdisi kulananlar yüksek kurlardan şikayet ederler, Üreticiler ve yatırımcılar reel faizlerin yüksek tutulmasını eleştirirler. Bazı ekonomistler yüksek faiz-düşük kur uygulamasının ülke ekonomisini sıkıntıya düşürdüğünü öne sürerler. Merkez Bankasının enflasyon hedefinin gerçekleştirilmesinde en önemli araçlardan biri olan faiz politikasını bir hedef olarak ortaya çıkarmasından şikayet ederler. Önümüzdeki 3 yıl boyunca faiz hadlerinin tek haneli düzeyde kalabileceğini söylemenin kamu kağıtları alımını teşvik edeceğini ve reel sektöre aktarılacak kaynakların daralacağını savunanlar çıkar.
 
Ancak  uygulamaların haklı veya haksız eleştirilmesi başka şey, bağımsızlığın ortadan kaldırılması başka şeylerdir.
 
Zaten küreselleşmenin hızlandığı, ekonomilerin birbirlerinden hızla etkilendiği ve çözümün ancak  uluslararası  işbirliği suretiyle bulunabileceği bir ortamda,hükümetlerin kendi başlarına ve içe dönük politikalarla başarıya ulaşma şansları da fazla değildir.